La communauté universitaire se réunit tous les quatre ans pour désigner son président. Avec le directeur général des services et les vice-Présidents des conseils, celui-ci constitue une direction collégiale qui permet de gouverner une université comme celle de Paris Descartes.

Le président
Le président dirige l’université. Il la représente à l’égard des tiers ainsi qu’en justice, conclut les accords et les conventions. Il est ordonnateur des recettes et des dépenses de l’université. Il préside les trois conseils, prépare et exécute leurs délibérations, reçoit leurs propositions et avis. Il a autorité sur l’ensemble des personnels de l’établissement. Il affecte dans les différents services de l’université les personnels administratifs, techniques, ouvriers et de service. Il nomme les différents jurys. Il est responsable du maintien de l’ordre.

Depuis le 21 décembre 2011, le président est Frédéric Dardel .

Les vice-Présidents, les chargés de mission  et les conseillers

• Les vice-Présidents des conseils centraux et le vice-Président étudiant : 
  • Mme Isabelle JAMBAQUE-AUBOURG, vice-Présidente au Conseil des études et de la vie universitaire
  • M. Damien PELLIER, vice-Président au Conseil d’administration
  • M. Stefano MARULLO, vice-Président au Conseil scientifique
  • M. Maximilien MATSAKIS, vice-Président étudiant

• Les vice-Présidents chargés de mission :
  • M. Pierre Olivier COURAUD, vice-Président à la valorisation et aux partenariats industriels
  • M. Arnaud DUCRUIX, vice-Président aux affaires générales et partenariats enseignement supérieur
  • Mme Marie-Hélène JEANNERET-CRETTEZ, vice-Présidente à la coordination de la formation PRES/Idex

• Les chargés de mission :
  • M. Yvan BROHARD, chargé de mission Art et science
  • M. Yves CHARBIT, chargé de mission Coordination de l’évaluation des équipes d’accueil
  • M. François de SINGLY, chargé de mission Savoir et culture
  • M. Daniel DOT, chargé de mission Vie étudiante
  • M. Eric DUGAS, chargé de mission Handicap
  • M. Olivier HOUDE, chargé de mission aux relations Sciences Humaines et Sociales, Sciences de la Vie et de la Santé
  • M. David JANISZEK, chargé de mission Relations Enseignement-Entreprises
  • Mme Anne LAUDE, chargée de mission Relations avec les organisations professionnelles (professions libérales)
  • M. Lionel MOISAN, chargé de mission Coordination de l’évaluation des enseignants-chercheurs
  • Mme Rebecca ROGERS, chargée de mission Parité Homme-Femme

• Conseiller :
  • M. Pierre PONTHUS

Le directeur général des services
Le directeur général des services est nommé par le ministre de l’éducation nationale sur proposition du président de l’université. Il ne peut exercer plus de 10 ans consécutifs dans la même université. Il assure la responsabilité effective de l’administration et de la gestion de l’université. Membre de droit du Bureau, assistant aux côtés du Président à toutes les séances des conseils ou de la CPE, présidant les CPE restreintes, il exerce un rôle reconnu dans la mise en oeuvre de la politique du Président, particulièrement dans le domaine de la gestion des ressources humaines. Appelé à participer à de nombreuses réunions et groupes de travail, aux niveaux académique et ministériel, il assure également la représentation extérieure de l’administration de l’Université.

En mars 2006, François PAQUIS est nommé secrétaire général de l’Université. Il devient Directeur général des services en mars 2010.

L’agent comptable
L’agent comptable est nommé conjointement par le ministre chargé de l’enseignement supérieur et le ministre chargé du budget. Il tient la comptabilité de l’établissement et en établit le compte financier. Conseiller du président en matière financière et comptable, il apporte son aide dans le pilotage de l’établissement et contribue à la prise de décision.

Depuis le mois d'octobre 2011, la fonction d’agent comptable est exercé par Corine BRANCALEONI.

Le CODIR
Le Comité de direction (Codir) se réunit en moyenne tous les 15 jours pour discuter et instruire toutes les questions soumises au Bureau et aux Conseils.
Liste des membres du CODIR bientôt disponible

Le conseil de la Présidence
Composé du CODIR, de chargés de mission et de conseillers, le Conseil de la Présidence se réunit en moyenne une fois tous les mois et enrichit la réflexion collective de l’équipe de Direction sur la stratégie politique de l’Université

Le Bureau
Autre point fort dans l’organisation de l’établissement : la composition collégiale et la consultation régulière du Bureau de l’université, dont les membres sont choisis par le Président. Réuni tous les mois, le Bureau est étroitement associé à la mise en oeuvre de la politique définie par le Président et validée par le Conseil d’Administration.

Le Bureau restreint
Il se réunit lui aussi tous les mois. Il est le lieu privilégié des échanges entre les Directeurs de composantes et l’Equipe de Direction